净化系统通常的净化效率取决于过滤器的过滤效率。目前的过滤器根据不同的过滤要求可以分为初效（粒径≥5微米 20~80%）、中效（粒径≥1微米 20~70%）、高中效（粒径≥1微米 70~99%）、亚高效（粒径≥0.5微米95~99.9%）、高效（粒径≥0.3~0.5微米99.9~99.999%）、超高效（粒径≥0.1微米 99.999%）。
无机和有机的微粒通过过滤器过滤后，根据过滤效率均能达到降低浓度的效果。这也就是净化系统之所以能降低手术室细菌浓度的主要原因。如果在净化系统的安装和运行正常的情况下，室内的细菌浓度应符合如附表的标准。
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等级 |
沉降（浮游）细菌最大平均浓度 |
空气洁净度级别 |
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Ⅰ |
手术室 |
手术区0.2个/30min.Φ90皿（5 CFU/m3） |
手术区100级 周边区1000级 |
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周边区0.4个/30min.Φ90皿（10 CFU/m3） |
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洁净辅助用房 |
局部0.2个/30min.Φ90皿（5 CFU/m3） 周边区0.4个/30min.Φ90皿（10 CFU/m3） |
1000级 （局部100级） |
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Ⅱ |
手术室 |
手术区1个/30min.Φ90皿（25 CFU/m3） |
手术区1000级 周边区10000级 |
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周边区2个/30min.Φ90皿（50 CFU/m3） |
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洁净辅助用房 |
2个/30min.Φ90皿（50 CFU/m3）
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10000级 |
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Ⅲ |
手术室 |
手术区2个/30min.Φ90皿（50 CFU/m3） |
手术区10000级 周边区100000级 |
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周边区4个/30min.Φ90皿（150 CFU/m3） |
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洁净辅助用房 |
4个/30min.Φ90皿（150 CFU/m3） |
100000级 |
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Ⅳ |
手术室 |
5个/30min.Φ90皿（175 CFU/m3） |
300000级 |
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洁净辅助用房 |
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由上可知，洁净手术室的净化效果是通过在一定时间的条件下，以洁净空气置换污染空气的含尘浓度、含菌浓度，使其达到规定的限值。从而保证手术的净化效果。但净化系统并不能杀灭生物微粒，只是将其数量降低到一定程度。由于过滤系统的材料限制洁净空气中仍然可能带有生物微粒，加上室内的人员发菌量也不能百分之百地置换掉。所以手术室的实际运用中仍要坚持常规消毒。应把空气净化作为常规消毒的辅助手段。
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