一）建造投资费用高
高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，100级垂直单向流的洁净室，其室内装修（墙、顶、地、门、窗等）和空调净化系统（包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等）的初投资大约为1000元人民币/M2；如果加上纯水制备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统等等，其单位面积的建造投资费用要高达25000~30000元人民币/M2。
就拿已投产的上海华虹NEC超大规模集成电路芯片生产线洁净室举例来说，华虹NEC为月投片30000片8„硅片集成电路前工序生产线,有洁净室面积约12000M2,其中10000M2是在中心部位,另2000 M2边跨上.在中心部位的10000 M2洁净室中有4000 M2的1级10级和100级的垂直单向流洁净室,另外6000 M2分别为1000 级和10000级和非单向流洁净室,总送风量约6,400,000M3/H.于1998年底建成投产。
该项目总投资约100亿人民币，其中动力设备和土建投资为20亿人民币，占总投资的五分之一。单该核心部分的10000 M2的洁净室的建造费用就高达6000万美元（约5亿人民币）日本三机株式社会施工），折合每平方米建造费用约50000元人民币/M2。
（二）运行管理费用大
因为高级别洁净室净化风量大，新风量也大，温湿度要求严格，所以空气热湿处理和空气输配的能量消耗大，耗电多，运行费用贵。
还拿上述华虹NEC为例，其核心部分10000M2洁净室总的送风量为6,400,000 M3/H,输送净化空气的风机耗电量为3840Kw/h,全年电费为6000万人民币。全年空调交货系统本身的运行费用就高达7659万元人民币。折合每年单位面积费用为7659元/M2年。
（三）灵活适应性强
因为，科学技术的发展很快，高科技的产品不断出现，尤其是电子工业的发展更是日新月异像集成电路的发展2~3年就更新一代，TFT-LCD的发展更快1~2年就上一个台阶。这就要求为其服务的高级别的洁净室必须能适应其发展速度，有极好的灵活性和适应性。因为建造一个洁净厂房是百年大计，不是一、二年就会拆掉重建。因此，在设计和建造洁净厂房时，就要考虑到工艺的发展、变更，就要考虑到洁净厂房的灵活性和适应性。从一个洁净厂房的灵活适应角度，可将其分为三个层次，第一是不可变的部分。无论怎样改都不能改变的部分。如基础、梁、柱等结构部分；第二是可变但不容易变的部分。如洁净室的围护、装修等；第三是可变而且容易改变的部分。如动力、空气、水气体溶剂的供给部分和废气、废水、废料等排放部分。
（四）安全、可靠性好
从前面（一）、（二）两条特点可以得出建造和使用这样的洁净室要付出等的代价。但是为了生产出高可靠、高质量的高科技产品也必须具备这样的生产环境。因为，建造洁净室的目的是为使用，是为了得到高成品率合格产品。为了达此目的，设计和建造洁净室必须把安全可靠放在第一位。保证所建造的洁净室在洁净度、温湿度、风速、压力等所有参数必须满足生产工艺的要求，保证安全、可靠、不出事故。这一点绝有能马虎，更不能打折扣，要万无一失，只有这样才能效益，才能达到建造洁净室的目的。
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