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保证洁净室内洁净度其中重要一个因素就是压差控制，利用压差隔离控制洁净室不受污染隔离相邻或外界的环境是必须的。正压洁净室通过其内部压差高于外界环境保证外界污染不能侵入所受控环境之内，而生物安全实验室（存在有生物危险的实验室）则通过负压控制室内污染不会侵入外界环境之中。常用压差控制方法，基本有静态控制及动态控制两大类，其采用的概念各是：
静态控制
静态控制
适用于排风不变或至少一段时期内不变的情况下。可以说绝大部分洁净室是静态控制压差的，而当门开启时，压差不能维持，出现空气的相互交换与温差有关，常用对策是设缓冲室（气闸室），另外一种情况是允许暂时的空气的相互交换，不会影响产品质量等则可不设缓冲室（例如要求洁净度较低的环境）。
动态控制
适用于排风量变化的情况下。一般是由传感器根据室内设定压力自动调节新风量，以达到所要求之压差值。通常，宜以室内压差的维持来控制新风量（压差传感器），也有较特殊的环境使用开口风速气流传感器进行压力调节；这种动态控制典型的是高风险度的生物安全实验室，当该实验室内开启生物安全柜等排风设备时，就需要通风新风量自动控制室内压力状态。
