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对于洁净室的污染源主要指微尘和细菌二大类  
2.1 外部污染源  
2.1.1大气尘的浓度  
大气尘是洁净室要直接处理的对象，在洁净技术中，最常用的是以≥0.5μm的微粒数量为准的计数浓度，以最干净的同温层（距地表10km）来说，这样的微粒约有20粒/L，很干净的海面上空约有2600粒/L。陆地上计数浓度差别极大，同一地区不同时间差别也很大，我国大气计数浓度可粗分为“工业城市”、“城市郊外”、“非工业区或农村”，其≥0.5μm的微粒浓度分别为1×106粒/L，2×105粒/L和3×105粒/L。  
2.1.2大气菌的浓度  
大气尘的污染属于无生命微粒的污染，而大气菌的污染属于有生命微粒的污染。微生物包括：病毒、立克次体、细菌、菌类、原生虫类。但和洁净室有关的主要是细菌和菌类。但是细菌不能单独生存，一般都附着在尘粒上面，所以有意义的大小是其等价直径，一群带菌微粒通过过滤器时，细菌的过滤效率和某粒径的微粒的效率一样，则这一粒径就是这群带菌微粒的等价直径。  
2.2内部污染  
2.2.1发尘量  
洁净室内的发尘量，来自设备的可考虑通过局部排风排除，不流入洁净室内；产品、材料等在搬运过程中的发尘量与人体发尘量相比，一般较小，可忽略。由于目前洁净室内装饰采用较好的金属壁板，来自建筑物表面发尘量也很少，一般占10%以下，发尘主要来自人，占90%左右。  
2.2.2发菌量  
（1）洁净室内当工作人员穿无菌服时：  
静止时的发菌量一般为：10～300个/min．人  
一般活动时的发菌量一般为：150～1000个/min．人  
快步行走时的发菌量一般为：900～2500个/min．人  
（2）咳嗽一次一般为：70～700个/min．人  
喷嚏一次一般为：4000～60000个/min．人  
（3）穿平常衣服时发菌量：3300～62000个/min．人  
（4）无口罩发菌量：有口罩发菌量为1：7～1：14  
（5）发菌量：发尘量为1：500～1：1000  
（6）手术中人员的发菌量：878个/min．人  
所以可知洁净室内穿无菌衣人员静态发菌量一般超过300个/min．人，动态发菌量一般不超过1000个/min．人